호흡기내과의 대상 질환으로는 최근 급격히 증가하고 있는 폐암을 비롯하여 폐, 기관 및 기관지, 흉막, 종격동 등에 발생하는 여러 가지 양성 및 악성 종양들이 있습니다.

이런 질환들은 호흡기내과에서 진단하고 치료하며 필요에 따라서는 흉부외과와 치료방사선과 등 연관된 여러 과와 유기적으로 의논하여 최선의 치료를 할 수 있습니다.

그리고 알레르기성 및 비알레르기성 기관지 천식과 기관지 확장증을 포함하는 여러 가지 만성 폐질환, 만성 기관지염이나 폐 기종 등의 만성 폐쇄성 폐질환, 폐에 단독으로, 또는 전신적인 질환과 연관되어 발생하는 폐 섬유화증 등의 미만성 간질성 폐질환과 면역성 폐질환, 노인에서 흔하고 치명적인 호흡기계 노인병, 직업성 폐질환, 코골음과 연관된 수면 무호흡증후군 같은 환기장애 질환, 폐혈관 질환 등이 있습니다.

그 외에도 급성 호흡부전증이나 성인형(급성) 호흡곤란증후군으로 대표되는 호흡곤란으로 중환자실에서 기계호흡 등을 사용하여 치료하는 집중치료 의학도 호흡기내과의 한 분야입니다.